Bay-VOC

Molekulargenetisches SARS-CoV-2 Überwachungsnetzwerk in Bayern

News
SARS-CoV-2 Varianten und deren Analytik

Ziele von Bay-VOC
Entwicklung eines molekulargenetischen Surveillance Netzwerks für SARS-CoV-2 in Bayern
Aufbau einer zentralen Plattform zur Auswertung von SARS-CoV-2 und seiner Varianten in Patientenabstrichen, Abwasserproben und Sentinelpraxen in Bayern und der Präsentation der Ergebnisse für die Öffentlichkeit.
Über Bay-VOC

Einige SARS-CoV-2-Varianten haben sich in der COVID-19-Pandemie innerhalb kürzester Zeit weltweit ausgebreitet und wurden zur dominanten Variante bei Neu- und Reinfektionen. Aus der Sicht des Gesundheitssystems sind diese Virusvarianten besorgniserregend und werden deshalb als "Variants of Concern (VOC)" bezeichnet. Sie können unter anderem folgende Eigenschaften aufweisen:

  • Schnellere Ausbreitung in der Bevölkerung durch höhere Ansteckungsraten
  • Stärkere Krankheitssymptome bei Infizierten
  • Reduzierte Wirksamkeit vorhandener Impfstoffe
  • Gesteigertes Risiko von Reinfektionen
  • Verringerte Wirksamkeit vorhandener Therapien (z.B. monoklonale Antikörper)
  • Gefahr der (Über)-Belastung der Versorgungssysteme im Gesundheitswesen

Bereits im März/April 2020 verdrängten Viren mit der Mutation D614G (B1, B1*, B1.1.1) innerhalb weniger Wochen alle bisherigen Varianten. Anfang 2021 setzte sich dann die Virusvariante B.1.1.7 (auch als VOC Alpha bezeichnet) zunehmend in Deutschland und vielen Ländern der Welt durch. Ab Mai 2021 breitete sich die erstmals in Indien beobachtete Virusvariante B.1.617.2 (VOC Delta) aus und dominierte das Infektionsgeschehen in Bayern und Deutschland bis Ende 2021. Sie wurde abgelöst durch die im November 2021 erstmals im südlichen Afrika nachgewiesene Virusvariante B.1.1.529 (VOC Omikron). VOC Omikron und ihre Sublinien beherrschen bis heute (Frühjahr 2023) das weltweite Infektionsgeschehen.

Die rasche Identifizierung und Charakterisierung neuer VOC ist die Voraussetzung für die wissenschaftliche und medizinische Beurteilung ihrer Eigenschaften und Auswirkungen auf die Gesundheit und das Gesundheitswesen sowie der notwendigen Maßnahmen im Gesundheitssystem. Dazu ist es wichtig, die Virusvarianten in der bayerischen Bevölkerung möglichst zeitnah und genau zu charakterisieren.

Die Auswirkungen der Veränderungen im Genom neuer VOC auf die Verfahren zur Diagnostik müssen regelmäßig untersucht werden. Nur so können mögliche Einschränkungen der Leistungsfähigkeit von diagnostischen Testsystemen, wie PCR- oder Antigen-Tests, rechtzeitig entdeckt und Anpassungen vorgenommen werden.

Das Bay-VOC-Netzwerk bündelt die virologisch-infektionsepidemiologische Expertise im Freistaat Bayern: Gemeinsam erheben die virologischen Institute an allen bayerischen Universitätskliniken und Universitäten sowie das Genzentrum der LMU München zusammen mit dem Landesamt für Gesundheit und Lebensmittelsicherheit (LGL) detaillierte Informationen über VOC von SARS-CoV-2 in Bayern aus dem klinischen Umfeld und dem öffentlichen Gesundheitswesen.

Diese werden ausgewertet und auf der Bay-VOC-Homepage zeitnah veröffentlicht.

Darüber hinaus wurde in der Kabinettssitzung vom 24. Mai 2022 beschlossen, die Überwachung zur frühzeitigen Erkennung von neuen, durch SARS-CoV-2 verursachten Infektionswellen in Bayern auszubauen. Hierfür wurde das Verbundprojekt "Bay-VOC" erweitert und eng mit dem Sentinel-Programm für respiratorische Erkrankungen in Bayern (BIS+C) und dem Abwassermonitoring von Krankheitserregern verzahnt. Dadurch soll ein effizientes, dreistufiges Infektionsfrühwarnsystem für eine vorausschauende Risikobewertung und daraus folgende Maßnahmen entstehen. Unter anderem soll diese Art der Überwachung auch auf andere Erreger, insbesondere Influenzaviren, ausgedehnt werden.

Die drei Säulen des Frühwarnsystems für Infektionskrankheiten in Bayern umfassen:
  1. Die Analyse der SARS-CoV-2-Infektionen und Varianten bei Patientinnen und Patienten in den Universitätskliniken,
  2. Die Bestimmung der ursächlichen Infektionserreger bei Menschen mit Atemwegsinfektionen in den aktuell knapp 200 Sentinelpraxen im Freistaat Bayern,
  3. Den Aufbau einer landesweiten Überwachung kommunaler Abwässer, die in Zukunft neben SARS-CoV-2 auch noch andere Erreger erfassen soll.

Als Grundlage für die Überwachung von VOC werden die Gesamtgenome von SARS-CoV-2 von Patienten und aus kommunalem Abwasser sequenziert. Die technisch aufwändige Sequenzierung des kompletten Genoms ermöglicht die Untersuchung der Eigenschaften von Virusvarianten genauer als mit jedem anderen verfügbaren Verfahren. Erfasste Mutationen ermöglichen oft eine Einschätzung, ob und wie sich die Eigenschaften in Bezug auf Verfahren zum Nachweis, der Immunität oder der Behandlung verändert haben.

Bekannte, aber auch neu entstandene oder sich schnell ausbreitende VOC können hierdurch zweifelsfrei identifiziert werden. Die regionale, nationale und globale Erfassung von VOC ist die Voraussetzung für eine Früherkennung von SARS-CoV-2-Varianten mit erhöhtem Ausbreitungs- und Risikopotential oder auch von neuen Infektionserregern mit pandemischem Potenzial. Diese Informationen dienen auch als Grundlage für gesundheitspolitische Entscheidungen und Infektionsschutzmaßnahmen in Bayern.

Organisation
Sprecher
Prof. Dr. med. Oliver T. Keppler
Ludwig-Maximilians-Universität München
Max von Pettenkofer-Institut
Vorstand und Lehrstuhlinhaber für Virologie
E-Mail: keppler@mvp.lmu.de
Telefon: +49 89 2180 72901
Stellvertretender Sprecher
Prof. Dr. med. Lars Dölken
Julius-Maximilians-Universität Würzburg
Institut für Virologie und Immunbiologie
Lehrstuhlinhaber für Virologie
E-Mail: lars.doelken@uni-wuerzburg.de
Telefon: +49 931 31 89781
Standorte
Ludwig-Maximilians-Universität München
Prof. Dr. med. Oliver T. Keppler
Max von Pettenkofer-Institut
Vorstand und Lehrstuhlinhaber für Virologie
E-Mail: keppler@mvp.lmu.de
Telefon: +49 89 2180 72901

PD Dr. med. Maximilian Münchhoff
Dr. rer. nat. Christopher Dächert
Milena Milakovic Obradovic, PhD
Ludwig-Maximilians-Universität München
Dr. rer. nat. Helmut Blum
Genzentrum
Labor für Funktionale Genomanalyse (LAFUGA)
E-Mail: blum@genzentrum.lmu.de
Telefon: +49 89 2180 76700

Dr. rer. biol. vet. Alexander Graf
Dr. rer. nat. Stefan Krebs
Technische Universität München
Prof. Dr. med. Ulrike Protzer
Institut für Virologie
Direktorin und Lehrstuhlinhaberin für Virologie
E-Mail: protzer@tum.de
Telefon: +49 89 4140 6821

Dr. med. sci. Till Bunse
Samuel Jeske
Mehmet Tekinsoy
Julius-Maximilians-Universität Würzburg
Prof. Dr. med. Lars Dölken
Institut für Virologie und Immunbiologie
Lehrstuhlinhaber für Virologie
E-Mail: lars.doelken@uni-wuerzburg.de
Telefon: +49 931 31 89781

Dr. rer. nat. Kerstin Knies
Dr. med. Benedikt Weißbrich
Universitätsklinikum Erlangen
Prof. Dr. med. Klaus Überla
Virologisches Institut
Lehrstuhlinhaber für Virologie
E-Mail: klaus.ueberla@fau.de
Telefon: +49 9131 85 23563

Prof. Dr. med. Armin Enßer
Dr. med. Philipp Steininger
Universitätsklinikum Regensburg
Prof. Dr. med. Dr. rer. nat. André Gessner
Institut für Mikrobiologie und Hygiene
Direktor
E-Mail: andre.gessner@ukr.de
Telefon: +49 941 944 6400

Dr. rer. nat. Andreas Hiergeist
Prof. Dr. med. Jürgen Wenzel
Universitätsklinikum Augsburg
Prof. Dr. med. Reinhard Hoffmann
Institut für Labormedizin und Mikrobiologie
Direktor
E-Mail: Reinhard.Hoffmann@uk-augsburg.de
Telefon: +49 821 400 2751

Landesamt für Gesundheit und Lebensmittelsicherheit (LGL)
Prof. Dr. med. Caroline Herr
Bereichsleiterin
E-Mail: caroline.herr@lgl.bayern.de
Telefon: +49 09131-6808-4202

Prof. Dr. med. Dr. phil. Andreas Sing
Dr. med. Nikolaus Ackermann
Laura Weise
Lisa Falk
Assoziierte Partner (Abwasserüberwachung)
Prof. Dr.-Ing. Jörg E. Drewes
Lehrstuhl für Siedlungswasserwirtschaft
Technische Universität München
Lehrstuhlleiter
E-Mail: jdrewes@tum.de
Telefon: +49 89 289 13713

Dr. rer. nat. Christian Wurzbacher
Anna Uchaikina
Christine Walzik
Geschäftsstelle der Universitäten
Stefan Dietrich
Ludwig-Maximilians-Universität
Max von Pettenkofer-Institut
Verwaltungsleiter
E-Mail: dietrich@mvp.lmu.de
Telefon: +49 89 2180 72806
Förderung
Veröffentlichungen
2023
ORF3c is expressed in SARS-CoV-2-infected cells and inhibits innate sensing by targeting MAVS.
Müller M, Herrmann A, Fujita S, Uriu K, Kruth C, Strange A, Kolberg JE, Schneider M, Ito J, Müller MA, Drosten C, Ensser A; Genotype to Phenotype Japan (G2P-Japan) Consortium; Sato K, Sauter D.
EMBO Rep. 2023 Dec 6;24(12):e57137. doi: 10.15252/embr.202357137. Epub 2023 Oct 23.
Link
The sensitivity of rapid tests for SARS-CoV-2 antigen—association with clinical manifestations, viral load, and sublines.
Knies K, Wagenhäuser I, Hofmann D, Rauschenberger V, Eisenmann M, Reusch J, Flemming S, Andres O, Petri N, Topp MS, Papsdorf M, McDonogh M, Verma-Führing R, Scherzad A, Zeller D, Böhm H, Gesierich A, Seitz AK, Kiderlen M, Gawlik M, Taurines R, Wurmb T, Ernestus RI, Forster J, Weismann D, Weißbrich B, Liese J, Vogel U, Kurzai O, Dölken L, Gabel A, Krone M.
Dtsch Arztebl 2023. 2023 Aug 25. doi: 10.3238/arztebl.m2023.0185.
Link
Ten rapid antigen tests for SARS-CoV-2 widely differ in their ability to detect Omicron-BA.4 and -BA.5.
Krenn F, Dächert C, Badell I, Lupoli G, Öztan GN, Feng T, Schneider N, Huber M, Both H, Späth PM, Muenchhoff M, Graf A, Krebs S, Blum H, Durner J, Czibere L, Kaderali L, Keppler OT, Baldauf HM, Osterman A.
Med Microbiol Immunol. 2023 Aug 10. doi: 10.1007/s00430-023-00775-8.
Link
Automated antigen assays display a high heterogeneity for the detection of SARS-CoV-2 variants of concern, including several Omicron sublineages.
Osterman A, Krenn F, Iglhaut M, Badell I, Lehner A, Späth PM, Stern M, Both H, Bender S, Muenchhoff M, Graf A, Krebs S, Blum H, Grimmer T, Durner J, Czibere L, Dächert C, Grzimek-Koschewa N, Protzer U, Kaderali L, Baldauf HM, Keppler OT.
Med Microbiol Immunol. 2023 Aug 10. doi: 10.1007/s00430-023-00774-9.
Link
Longitudinal SARS-CoV-2 neutralization of Omicron BA.1, BA.5 and BQ.1.1 after four vaccinations and the impact of breakthrough infections in haemodialysis patients.
Platen L, Liao BH, Tellenbach M, Cheng CC, Holzmann-Littig C, Christa C, Dächert C, Kappler V, Bester R, Werz ML, Schönhals E, Platen E, Eggerer P, Tréguer L, Küchle C, Schmaderer C, Heemann U, Keppler OT, Renders L, Braunisch MC, Protzer U.
Kidney Journal. 2023;sfad147. doi: 10.1093/ckj/sfad147.
Link
Comparable cellular and humoral immunity upon homologous and heterologous COVID-19 vaccination regimens in kidney transplant recipients.
Körber N, Holzmann-Littig C, Wilkens G, Liao BH, Werz ML, Platen L, Cheng CC, Tellenbach M, Kappler V, Lehner V, Mijočević H, Christa C, Assfalg V, Heemann U, Schmaderer C, Protzer U, Braunisch MC, Bauer T, Renders L.
Front Immunol. 2023 Mar 31;14:1172477. doi: 10.3389/fimmu.2023.1172477.
Link
Analysis of SARS-CoV-2 Spike Protein Variants with Recombinant Reporter Viruses Created from a Bacmid System.
Cordsmeier A, Jungnickl D, Herrmann A, Korn K, Ensser A.
Int. J. Mol. Sci. 2023, 24(9), 8156; https://doi.org/10.3390/ijms24098156.
Link
Immunologic Effect of Bivalent mRNA Booster in Patients Undergoing Hemodialysis.
Huth L, Schäfer L, Almanzar G, Lupoli G, Bischof M, Wratil PR, Stövesand T, Drechsler C, Keppler OT, Prelog M.
N Engl J Med. 2023 Feb 15. doi: 10.1056/NEJMc2216309. Epub ahead of print.
Link
Spike and nsp6 are key determinants of SARS-CoV-2 Omicron BA.1 attenuation.
Chen DY, Chin CV, Kenney D, Tavares AH, Khan N, Conway HL, Liu G, Choudhary MC, Gertje HP, O'Connell AK, Adams S, Kotton DN, Herrmann A, Ensser A, Connor JH, Bosmann M, Li JZ, Gack MU, Baker SC, Kirchdoerfer RN, Kataria Y, Crossland NA, Douam F, Saeed M.
Nature. 2023 Jan 11. doi: 10.1038/s41586-023-05697-2. Epub ahead of print.
Link
2022
Potent high-avidity neutralizing antibodies and T cell responses after COVID-19 vaccination in individuals with B cell lymphoma and multiple myeloma.
Keppler-Hafkemeyer A, Greil C, Wratil PR, Shoumariyeh K, Stern M, Hafkemeyer A, Ashok D, Hollaus A, Lupoli G, Priller A, Bischof ML, Ihorst G, Engelhardt M, Marks R, Finke J, Bertrand H, Dächert C, Muenchhoff M, Badell I, Emmerich F, Halder H, Spaeth PM, Knolle PA, Protzer U, von Bergwelt-Baildon M, Duyster J, Hartmann TN, Moosmann A, Keppler OT.
Nat Cancer. 2022 Dec 21. doi: 10.1038/s43018-022-00502-x. Epub ahead of print.
Link
Nsp16 shields SARS-CoV-2 from efficient MDA5 sensing and IFIT1-mediated restriction.
Russ A, Wittmann S, Tsukamoto Y, Herrmann A, Deutschmann J, Lagisquet J, Ensser A, Kato H, Gramberg T.
EMBO Rep. 2022 Dec 6;23(12):e55648. doi: 10.15252/embr.202255648. Epub 2022 Oct 26.
Link
Variable detection of Omicron-BA.1 and-BA.2 by SARS-CoV-2 rapid antigen tests.
Osterman A, Badell I, Dächert C, Schneider N, Kaufmann AY, Naz Öztan G, Huber M, Späth PM, Stern M, Autenrieth H, Muenchhoff M, Graf A, Krebs S, Blum H, Czibere L, Durner J, Kaderali L, Baldauf HM, Keppler OT.
Med Microbiol Immunol. 2022 Nov 12;1-11. doi: 10.1007/s00430-022-00752-7. Online ahead of print.
Link
Vaccine-hesitant individuals accumulate additional COVID-19 risk due to divergent perception and behaviors related to SARS-CoV-2 testing: a population-based, cross-sectional study.
Wratil PR, Kotter K, Bischof ML, Hollerbach S, Apak E, Kalteis AL, Nayeli-Pflantz T, Kaderali L, Adorjan K, Keppler OT.
Infection. 2022 Nov 10;1-11. doi: 10.1007/s15010-022-01947-z. Online ahead of print.
Link
Accumulation of mutation in antibody and CD8 T cell epitopes in a B cell depleted lymphoma patient with chronic SARS-CoV-2 infection.
Khatamzas E, Antwerpen MH, Rehn A, Graf A, Hellmuth JC, Hollaus A, Mohr AW, Gaitzsch E, Weiglein T, Georgi E, Scherer C, Stecher SS, Gruetzner S, Blum H, Krebs S, Reischer A, Leutbecher A, Subklewe M, Dick A, Zange S, Girl P, Müller K, Weigert O, Hopfner KP, Stemmler HJ, Bergwelt-Baildon von M, Keppler OT, Wölfel R, Muenchhoff M, Moosmann A.
Nat Commun. 2022; 13: 5586. Published online 2022 Sep 23. doi: 10.1038/s41467-022-32772-5.
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Epidemiological and Serological Analysis of a SARS-CoV-2 Outbreak in a Nursing Home: Impact of SARS-CoV-2 Vaccination and Enhanced Neutralizing Immunity Following Breakthrough Infection.
Streibl BI, Lahne H, Grahl A, Agsten P, Bichler M, Büchl C, Damzog M, Eberle U, Gärtner S, Hobmaier B, Margos G, Hoch M, Jungnick S, Jonas W, Katz K, Laubert L, Schutt B, Seidl C, Treis B, Weindl D, Zilch K, Wildner M, Liebl B, Ackermann N, Sing A, Fingerle V.
Microorganisms. 2022 Sep 9;10(9):1809. doi: 10.3390/microorganisms10091809.
Link
Virus variant–specific clinical performance of SARS coronavirus two rapid antigen tests in point-of-care use, from November 2020 to January 2022.
Wagenhäuser I, Knies K, Hofmann D, Rauschenberger V, Eisenmann M, Reusch J, Gabel A, Flemming S, Andres O, Petri N, Topp MS, Papsdorf M, McDonogh M, Verma-Führing R, Scherzad A, Zeller D, Böhm H, Gesierich A, Seitz AK, Kiderlen M, Gawlik M, Taurines R, Wurmb T, Ernestus RI, Forster J, Weismann D, Weißbrich B, Dölken L, Liese J, Kaderali L, Kurzai O, Vogel U, Krone M.
Clin Microbiol Infect. 2022 Aug 23:S1198-743X(22)00422-0. doi: 10.1016/j.cmi.2022.08.006. Epub ahead of print.
Link
Improved SARS-CoV-2 Neutralization of Delta and Omicron BA.1 Variants of Concern after Fourth Vaccination in Hemodialysis Patients.
Cheng CC, Platen L, Christa C, Tellenbach M, Kappler V, Bester R, Liao BH, Holzmann-Littig C, Werz M, Schönhals E, Platen E, Eggerer P, Tréguer L, Küchle C, Schmaderer C, Heemann U, Renders L, Protzer U, Braunisch MC.
Vaccines (Basel). 2022 Aug 16;10(8):1328. doi: 10.3390/vaccines10081328.
Link
Secondary zoonotic dog‑to‑human transmission of SARS‑CoV‑2 suggested by timeline but refuted by viral genome sequencing.
Hoppe JM, Füeßl LU, Hartmann K, Hofmann‑Lehmann R, Graf A, Krebs S, Blum H, Badell I, Keppler OT, Muenchhoff M.
Infection. 2022 Aug 20:1-7. doi: 10.1007/s15010-022-01902-y.
Link
Suppression of SARS-CoV-2 Replication with Stabilized and Click-Chemistry Modified siRNAs.
Traube FR, Stern M, Tölke AJ, Rudelius M, Mejías-Pérez E, Raddaoui N, Kümmerer BM, Douat C, Streshnev F, Albanese M, Wratil PR, Gärtner YV, Nainytė M, Giorgio G, Michalakis S, Schneider S, Streeck H, Müller M, Keppler OT, Carell T.
Angew Chem Int Ed Engl. 2022 Jul 8. doi: 10.1002/anie.202204556. Online ahead of print.
Link
Analysis of seven SARS-CoV-2 rapid antigen tests in detecting omicron (B.1.1.529) versus delta (B.1.617.2) using cell culture supernatants and clinical specimens.
Jungnick S, Hobmaier B, Paravinja N, Mautner L, Hoyos M, Konrad R, Haase M, Baiker A, Eberle U, Bichler M, Treis B, Okeyo M, Streibl B, Wimmer C, Hepner S, Sprenger A, Berger C, Weise L, Dangel A, Ippisch S, Jonas W, Wildner M, Liebl B, Ackermann N, Sing A, Fingerle V; Bavarian SARS-CoV-2-Public Health Laboratory Team.
Infection. 2022 May 20:1–7. doi: 10.1007/s15010-022-01844-5.
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Viral Mimicry of Interleukin-17A by SARS-CoV-2 ORF8.
Wu X, Xia T, Shin WJ, Yu KM, Jung W, Herrmann A, Foo SS, Chen W, Zhang P, Lee JS, Poo H, Comhair SAA, Jehi L, Choi YK, Ensser A, Jung JU.
mBio. 2022 Mar 28:e0040222. doi: 10.1128/mbio.00402-22.
Link
SMYD2 Inhibition Downregulates TMPRSS2 and Decreases SARS-CoV-2 Infection in Human Intestinal and Airway Epithelial Cells.
Yu Y-Q, Herrmann A, Thonn V, Cordsmeier A, Neurath MF, Ensser A, Becker C.
Cells. 2022; 11(8):1262. doi: 10.3390/cells11081262.
Link
Impaired detection of omicron by SARS-CoV-2 rapid antigen tests.
Osterman A, Badell I, Basara E, Stern M, Kriesel F, Eletreby M, Öztan GN, Huber M, Autenrieth H, Knabe R, Späth PM, Muenchhoff M, Graf A, Krebs S, Blum H, Durner J, Czibere L, Dächert C, Kaderali L, Baldauf HM, Keppler OT.
Med Microbiol Immunol. 2022 Feb 20. doi: 10.1007/s00430-022-00730-z. Epub ahead of print.
Link
Three exposures to the spike protein of SARS-CoV-2 by either infection or vaccination elicit superior neutralizing immunity to all variants of concern.
Wratil PR, Stern M, Priller A, Willmann A, Almanzar G, Vogel E, Feuerherd M, Cheng CC, Yazici S, Christa C, Jeske S, Lupoli G, Vogt T, Albanese M, Mejías-Pérez E, Bauernfried S, Graf N, Mijocevic H, Vu M, Tinnefeld K, Wettengel J, Hoffmann D, Muenchhoff M, Daechert C, Mairhofer H, Krebs S, Fingerle V, Graf A, Steininger P, Blum H, Hornung V, Liebl B, Überla K, Prelog M, Knolle P, Keppler OT, Protzer U.
Nat Med. 2022 Jan 28. doi: 10.1038/s41591-022-01715-4. Epub ahead of print.
Link
Rapid and sensitive identification of omicron by variant-specific PCR and nanopore sequencing: paradigm for diagnostics of emerging SARS-CoV-2 variants.
Dächert C, Muenchhoff M, Graf A, Autenrieth H, Bender S, Mairhofer H, Wratil PR, Thieme S, Krebs S, Grzimek-Koschewa N, Blum H, Keppler OT.
Med Microbiol Immunol. 2022 Jan 21. doi: 10.1007/s00430-022-00728-7. Epub ahead of print.
Link
2021
Spike residue 403 affects binding of coronavirus spikes to human ACE2.
Zech F, Schniertshauer D, Jung C, Herrmann A, Cordsmeier A, Xie Q, Nchioua R, Prelli Bozzo C, Volcic M, Koepke L, Müller JA, Krüger J, Heller S, Stenger S, Hoffmann M, Pöhlmann S, Kleger A, Jacob T, Conzelmann KK, Ensser A, Sparrer KMJ, Kirchhoff F.
Nat Commun. 2021 Nov 25;12(1):6855. doi: 10.1038/s41467-021-27180-0.
Link
Reciprocal circulation pattern of SARS-CoV-2 and influenza viruses during the influenza seasons 2019/2020 and 2020/2021 in the Bavarian Influenza Sentinel (Germany).
Heinzinger S, Eberle U, Angermeier H, Flechsler J, Konrad R, Dangel A, Berger C, Sprenger A, Hepner S, Biere B, Liebl B, Ackermann N, Sing A.
Epidemiol Infect. 2021 Oct 26;149:e226. doi: 10.1017/S0950268821002296. Erratum in: Epidemiol Infect. 2022 Feb 11;150:e24.
Link
SARS-CoV-2 N gene dropout and N gene Ct value shift as indicator for the presence of B.1.1.7 lineage in a commercial multiplex PCR assay.
Wollschläger P, Todt D, Gerlitz N, Pfaender S, Bollinger T, Sing A, Dangel A, Ackermann N, Korn K, Ensser A, Steinmann E, Buhl M, Steinmann J.
Clin Microbiol Infect. 2021 Sep;27(9):1353.e1-1353.e5. doi: 10.1016/j.cmi.2021.05.025. Epub 2021 May 24.
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Cloning of a Passage-Free SARS-CoV-2 Genome and Mutagenesis Using Red Recombination.
Herrmann A, Jungnickl D, Cordsmeier A, Peter AS, Überla K, Ensser A.
Int J Mol Sci. 2021 Sep 22;22(19):10188. doi: 10.3390/ijms221910188.
Link
In Vitro Rapid Antigen Test Performance with the SARS-CoV-2 Variants of Concern B.1.1.7 (Alpha), B.1.351 (Beta), P.1 (Gamma), and B.1.617.2 (Delta).
Jungnick S, Hobmaier B, Mautner L, Hoyos M, Haase M, Baiker A, Lahne H, Eberle U, Wimmer C, Hepner S, Sprenger A, Berger C, Dangel A, Ippisch S, Hahner S, Wildner M, Liebl B, Ackermann N, Sing A, Fingerle V.
Microorganisms. 2021 Sep 16;9(9):1967. doi: 10.3390/microorganisms9091967.
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Comparison of four commercial, automated antigen tests to detect SARS-CoV-2 variants of concern.
Osterman A, Iglhaut M, Lehner A, Späth P, Stern M, Autenrieth H, Muenchhoff M, Graf A, Krebs S, Blum H, Baiker A, Grzimek-Koschewa N, Protzer U, Kaderali L, Baldauf HM, Keppler OT.
Med Microbiol Immunol. 2021 Aug 20:1–13. doi: 10.1007/s00430-021-00719-0. Epub ahead of print.
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Detection of the new SARS-CoV-2 variants of concern B.1.1.7 and B.1.351 in five SARS-CoV-2 rapid antigen tests (RATs), Germany, March 2021.
Jungnick S, Hobmaier B, Mautner L, Hoyos M, Haase M, Baiker A, Lahne H, Eberle U, Wimmer C, Hepner S, Sprenger A, Berger C, Dangel A, Wildner M, Liebl B, Ackermann N, Sing A, Fingerle V; Bavarian SARS-CoV-2-Public Health Laboratory Team.
Euro Surveill. 2021 Apr;26(16):2100413. doi: 10.2807/1560-7917.ES.2021.26.16.2100413. Erratum in: Euro Surveill. 2021 Oct;26(43):
Link
Molecular SARS-CoV-2 surveillance in Bavaria shows no Omicron transmission before the end of November 2021.
Flechsler J, Eberle U, Dangel A, Hepner S, Wimmer C, Lutmayr J, Konrad R, Berger C, Weise L, Sprenger A, Zeitler J, Paravinja N, Angermeier H, Githure G, Schmidt S, Treis B, Okeyo M, Liebl B, Ackermann N, Sing A; Bavarian SARS-CoV-Public Health Laboratory Team.
Infection. 2022 Mar 1:1–6. doi: 10.1007/s15010-022-01767-1. Epub ahead of print.
Link